ექვსი თვე გავიდა პირველი მატრიცის მოვლენებიდან. ნეო, ტრინიტი და მორფეუსი აგრძელებენ ბრძოლას ხელოვნური ინტელექტის წინააღმდეგ, რომელიც დედამიწაზე ბატონობს. მატრიცის ძალაუფლებას უფრო და უფრო მეტი ადამიანი აღწევს თავს – ისინი საყოველთაო აჯანყებისათვის ემზადებიან. კომპიუტერული სისტემის უზარმაზარი არმია დაპროგრამებულია იპოვოს და გაანადგუროს რეალური სამყაროს უკანასკნელი ქალაქი, ზიონი.