გიგანტური მონსტრები, სახელად ანგელოზები ცდილობენ კაცობრიობის განადგურებას. გაეროს სპეციალური სააგენტო NERV წარუდგენს ორ ახალ EVA პილოტს, რათა დაიცვან ქალქაი ტოკიო-3. იდუმალი მაკინამი მარი ილუსტროუსი და ინტენსიური ასუკა ლენგლი შიკინამი. პარალელურად, გენდო იკარი და SEELE აგრძელებენ საიდუმლო პროექტს, რომელშიც მონაწილეობენ როგორც რეი, ასევე შინჯი.